Este jueves, investigadores de la Universidad de la República (Udelar) y el Institut Pasteur de Montevideo (IP Montevideo) informaron sobre una nueva variante del virus SARS-CoV-2 detectada a partir del estudio de vigilancia epidemiológica del Grupo Frontera. En muestras positivas para Covid-19 de pacientes de Rivera y Rocha analizadas en enero de 2021, el grupo detectó una cepa de origen brasileño que predomina actualmente en Río Grande del Sur. Se continuará trabajando para determinar si tiene características que aumenten su transmisibilidad, explicaron. Aclararon que esta variedad no genera infecciones más graves.

En este marco, se anunció la creación del consorcio Grupo Frontera de secuenciación genómica integrado entre otros por la Udelar, el IP Montevideo y Fiocruz (Brasil) que permitirá estudiar en tiempo real la epidemiología molecular del virus en el país. Además de los investigadores, participaron de la conferencia el rector de la Udelar, Rodrigo Arim; el ministro de Salud Pública, Daniel Salinas; y el director del IP, Carlos Batthyány.

«La ciencia nuevamente esté un paso adelante»

Salinas destacó que la investigación en Uruguay es «de punta» y permite articular un sistema de vigilancia epidemiológica moderna sobre genómica, un monitoreo en tiempo real de variantes de Covid-19. Afirmó que este es un trabajo de investigación muy profundo que conecta a las ciencias básicas con las ciencias médicas; agregó que el MSP aportó su granito de arena en diciembre capacitando técnicos de su principal laboratorio con el apoyo de investigadores de la Facultad de Ciencias y del IP. El ministro también recordó que todas las sedes de la Udelar en el territorio fueron «verdaderos baluartes en la generación de conocimiento». En este sentido, agradeció a los jóvenes investigadores por «la pasión que ponen en su trabajo» que hace que «la ciencia nuevamente esté un paso adelante».

Respecto a este estudio, Salinas indicó que no es una técnica costosa, pero el factor económico no va a ser una limitante para efectuarlo. El consorcio interinstitucional está en condiciones de realizar 500 secuenciaciones, que tienen un costo total aproximado de 6.000 dólares, y serán financiados por fondos de la Udelar y el IP. Afirmó que el ministerio seguirá apoyando fuertemente la actividad de los científicos del país en articulación con todas las instituciones donde esta se desarrolla. 

Por su parte, Arim afirmó que hace poco menos de un año, en una conferencia de prensa similar a ésta, la Udelar anunciaba la construcción de una plataforma interinstitucional junto al IP, el Instituto de Investigaciones Biológicas Clemente Estable (IIBCE) y el Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria (INIA), además de la primera caracterización genómica del Covid-19 en Uruguay. A partir de ese momento, se desarrollaron distintas líneas de investigación, de comunicación, y también de extensión universitaria para colaborar con los distintos actores de este proceso, enfatizó.

Para el rector, el seguimiento día a día de la caracterización genómica del SARS-CoV-2 que propone este estudio es importante desde el punto de vista de la generación de conocimiento, pero también para la implementación de las políticas públicas en salud, en este proceso donde es clave conocer las características biológicas de este fenómeno. «Uno de nuestros roles centrales es intentar construir conocimiento y comunicarlo de una manera tal que la sociedad pueda mediar con las circunstancias que vivimos lo mejor posible», explicó Arim.

Batthyány agradeció al ministro de Salud Pública quien «fue uno de los grandes promotores para que la academia y la ciencia de Uruguay pudiera participar activamente y desplegar todo su potencial para ayudar al mejor control de la crisis». También agradeció al rector de la Udelar porque «somos instituciones hermanas y hemos trabajado de manera fluida», así como al IIBCE y al INIA. En particular, destacó a los jóvenes investigadores que «nos aportan cada vez más y mejores conocimientos», hizo referencia al equipo de los científicos Pilar Moreno y Gonzalo Moratorio y al investigador uruguayo Gonzalo Bello, localizado en Brasil, «virólogo muy reconocido y preocupado por nuestro país».

También subrayó el trabajo del Grupo Frontera que desde que se creó en junio de 2020 trata de hacer una vigilancia genómica en la frontera con Brasil donde se estimaba que podía haber mayores problemas para el manejo de la epidemia. Y destacó a los responsables del Grupo como Lucia Spangenberg del IP, a Verónica Noya y el importante rol del Sanatorio Americano, y a Rodney Colina quien ha sido «un jugador fundamental en esta aventura de transformar laboratorios de investigación en laboratorios de diagnóstico».

Hallazgos del Grupo Frontera

Lucia Spangenberg, una de las coordinadoras del Grupo Frontera, se refirió a los resultados de vigilancia epidemiológica del virus que realizaron en la frontera con Brasil durante el mes de enero de 2021.

Indicó que el grupo es interinstitucional y multidisciplinario, integrado por decenas de  investigadores de la Udelar, el IP Montevideo, el IIBCE, el Sanatorio Americano y la Fiocruz (Brasil). Está liderado por Spangenberg por parte del IP, Rodney Colina por la Udelar, y Verónica Noya por el Sanatorio Americano.

Spangenberg explicó que los investigadores determinaron la secuencia genómica de base del virus utilizando la tecnología Oxford nanopore, en muestras de pacientes positivos de la zona de frontera. Una vez determinado el genoma, se pueden identificar cambios o mutaciones en la secuencia del virus a través de algoritmos bioinformáticos. Con esa información junto con metadatos que vienen asociados a las muestras, se pueden realizar diferentes análisis: por ejemplo, clasificar la variante del virus, ver cuántas introducciones independientes hubo del mismo en un territorio y cuándo sucedieron, explicó Spangenberg. La comparación entre las variaciones genéticas de un virus es posible porque la comunidad científica mundial pone en común las diversas secuencias en grandes bases de datos en línea, a medida que se van determinando.  

La investigadora indicó que con esta forma de trabajo el Grupo Frontera analizó en enero de 2021 muestras de los departamentos de frontera, y en la última secuenciación del mes analizaron once muestras de Artigas, Rivera y Rocha y encontraron la variante P.2 en cinco de ellas. Es una variante «muy prevalente en Brasil, pero no se había encontrado antes en Uruguay». Fue encontrada en pacientes de las ciudades de Rivera (1),  Rocha (2) y Castillos (2) y además se identificaron dos introducciones independientes de la variante P.2: una en Rocha y otra en Rivera, que se estima ingresaron a nuestro país a mediados de diciembre de 2020. «Con un número mayor de muestras, podremos afinar estos datos y en eso estamos», aclaró. 

Remarcó que, en principio, la variante P.2 es relevante porque pertenece al linaje 1.8 -que ya viene circulando en Uruguay y ya se había caracterizado- pero tiene una mutación adicional y además es la que se encontró en el primer estudio confirmado de re-infección en Brasil. Se observó que en cuatro meses la P.2 «se hizo más frecuente en varios estados del sur de Brasil, ganándole a otras variantes que estaban circulando», explicó.

Si bien hay evidencia empírica que en Brasil la P.2. desplazó a otras variantes, remarcó que aún faltan estudios para afirmar que es más transmisible. También se están estudiando posibles cambios en la eficacia de las vacunas frente a esta cepa, aunque se sostiene que siguen siendo efectivas. 

Spangenberg también afirmó que hay dos casos reportados de re-infección por esta variante y hay varios más en investigación actualmente. Aclaró que la re-infección no desencadena formas graves de la enfermedad, pero la persona infectada nuevamente puede contagiar a otros.

Con respecto a la secuenciación, explicó que el Grupo Frontera se propuso que fuera deslocalizada en diferentes instituciones;  como la tecnología que utilizan es portable, se puede utilizar en casi cualquier laboratorio. La han utilizado en el laboratorio del IP, luego en el de la sede universitaria de Salto y también se hará en el de la sede Rocha del CURE, por eso la investigadora remarcó la importancia de tener centros que participen en diferentes puntos del país y personal capacitado para ello.

Antes que el virus

Moratorio destacó la diferencia entre este trabajo de secuenciación de virus y el que se realizó al comienzo de la epidemia. Este apuntaba a la investigación sobre el origen de los brotes y a comprender la conexión entre los casos. En cambio la secuenciación de vigilancia epidemiológica en tiempo real que realiza el Grupo Frontera se propone la detección y seguimiento de mutaciones que puedan cambiar características del virus. Esto implica monitorear a nivel mundial el movimiento de las variantes, con especial atención en el efecto que esas mutaciones pueden tener sobre el diagnóstico, el desarrollo de las vacunas y el tratamiento de la enfermedad. Para realizar este trabajo se requiere «ser muy cauteloso, hacer mucha investigación y seguirla de cerca», afirmó.

El monitoreo de la genómica del virus en tiempo real es la herramienta para seguir la evolución de variantes ya detectadas y también para comprobar si en nuestro territorio se generan nuevas variantes, explicó Moratorio. Estos estudios se logran mediante la creación de tecnología de PCR diseñada para «interrogar» directamente a cada muestra positiva en busca de una variante de interés o que genere preocupación a nivel mundial.

Agregó que el grupo propone realizar el seguimiento de una gran cantidad de muestras elegidas estratégicamente de acuerdo con «la lógica de frontera». Como los investigadores del grupo realizan el diagnóstico de Covid-19 para diversos efectores públicos de salud, hasta el momento el monitoreo de variantes tenía como paso previo la identificación de las muestras positivas y negativas que les eran remitidas. Moratorio anunció que muy pronto el grupo contará con una nueva herramienta de RT PCR que permitirá aumentar la velocidad del monitoreo e identificar, directamente desde las muestras positivas, distintas variantes. La ventaja es que solo estas serán secuenciadas. El equipo espera poder secuenciar entre 100 y 400 muestras por semana.

Los resultados «pueden ayudar de forma significativa al manejo de la pandemia», indicó. Destacó que para este trabajo se necesita reunir «tres componentes principales con una interconección muy fuerte: la capacidad diagnóstica para procesar las muestras, la capacidad de secuenciación, y la de hacer biología computacional o bioinformática». En el mundo «es muy difícil que estos tres componentes estén en un mismo laboratorio. Gracias a todos los actores hoy tenemos la suerte de contar con esta interacción e identificar como jugadores de ajedrez, anteponernos a los movimientos del virus y una vez detectadas las variantes tomar mejores decisiones de políticas de salud pública para detener la propagación», explicó. 

Agregó que algunas de estas variaciones aumentan hasta un 50% la capacidad de contagio. Con respecto a la cepa de origen británico detectada hace dos meses, indicó que las investigaciones lideradas por Gregorio Iraola indican que ingresó una persona al país el 20 de diciembre, pero debido a las medidas sanitarias vigentes, no se transmitió a otras personas.  

Explicó además que son tres los mecanismos principales por los que las mutaciones hacen más contagiosa a una cepa frente a sus predecesoras: puede suceder que el virus se replique más velozmente en nuestro organismo generando mayor cantidad de virus y por tanto más propagación, puede prolongarse el tiempo de permanencia en nuestro organismo, de manera que contagiemos a más personas, o bien pueden modificarse las proteínas de la partícula que facilita su ingreso a nuestras células. Agregó que las variantes de interés que son detectadas en el mundo se incorporan a los ensayos clínicos actuales de las vacunas en desarrollo. Ante consultas sobre la vacunación señaló que «el tiempo de vacunar es ahora, es lo antes posible, es algo que compartimos en toda la comunidad científica».