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Las muestras provienen de pacientes diagnosticados en los meses de setiembre, octubre y noviembre de 2020 y pertenecen a diferentes brotes. Las secuencias obtenidas permitieron descartar que hasta esas fechas las variantes de Inglaterra (VUI 202012/01) y Sudáfrica estuvieran presentes en Uruguay, así como identificar una nueva deleción no identificada anteriormente.
Estos hallazgos se producen en el marco de una capacitación realizada entre el 7 y el 17 de diciembre de 2020 por la Facultad de Ciencias a técnicos de la Dirección de Laboratorios de Salud Pública para la “Obtención y análisis de genomas virales utilizando secuenciación masiva (NGS)”. Esta capacitación forma parte del proyecto “Optimización y transferencia de tecnologías de multiplex-NGS para la identificación y caracterización de la comunidad de virus respiratorios humanos durante la pandemia de SARS-CoV-2” financiado por la fundación Manuel Pérez.
Como producto de esta capacitación y de los estudios genómicos en marcha, se puso a punto un ensayo de RT-PCR que permite amplificar una región informativa del genoma de SARS-Cov-2 e identificar a través de secuenciación Sanger la variante VUI 202012/01. Esta técnica rápida y de bajo costo ya se ha transferido al DLSP y permitirá una rápida identificación ante el posible ingreso de esta variante al país.
Los virus analizados corresponden al linaje B.1.1 o B1. Además de presentar mutaciones puntuales ya reportadas en las bases de datos, se destaca el hallazgo de 2 secuencias con una deleción en el gen ORF7a, la cual fue previamente descripta por nuestro grupo en un brote ocurrido en una institución de asistencia médica de Montevideo. Adicionalmente, se detectó una nueva deleción en el gen ORF 6 (27378-27381) en 7 secuencias, la cual aún no ha sido reportada previamente en el país. Esta deleción se encontró en virus de pacientes relacionados, así como en pacientes no relacionados epidemiológicamente.
El equipo docente de capacitación para la Obtención y análisis de genomas virales utilizando secuenciación masiva (NGS) está integrado por:
Responsables: Dres. Ruben Pérez y Yanina Panzera
Docentes participantes: Dres. Peter Dohmer, Lucía Calleros, Ana Marandino y Gonzalo Tomás
Estudiantes de posgrado colaboradores: Claudia Techera, Sofía Grecco, Eddie Fuques
Participante por Sección Virología: Natalia Ramos
Participantes por DLSP-MSP: Victoria Bormida, Rosa Flieller, Natalia Goñi, Noelia Morel, Alfredo Sirok.
Fuente: Web de Facultad de Ciencias
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